監察院通過國務機要費案的彈劾案，彈劾包含前總統府副秘書長卓榮泰與馬永成、前總統府機要秘書林德訓、前任總統府會計長，現任參事馮瑞麟，以及前總統府機要專員陳鎮慧。

國務機要費案被列為本屆監委首先查辦的24件大案之一。監察院長王建煊表示，國務機要費案是典型國庫通總統私庫的案子，總統身邊的幕僚沒有恪盡職守，向總統提出忠言；主計人員雖然可以不受主管約束，最後卻仍舊配合長官行事，讓人髮指。王建煊說：『（原音）所以為什麼這樣一個案子能夠搞這麼多年，這樣亂七八糟在搞，就是因為有一大堆人願意配合，一個人陳水扁搞不起來的，吳淑珍也搞不起來，是因為旁邊有一大堆人不問他公務員應該負的責任，他只認他的主子，他的主子怎麼說，他就怎麼辦，這哪裡是一個公務員？哪裡是一個政府體制？』監委馬秀如也表示，官員的俸祿來自民脂民膏，他們的老闆是人民、不是長官，第一手核銷資訊的主計人員最有機會瞭解事情真相，可是最後還是屈服於官威，她希望藉由這次彈劾案重振「主計一條鞭」的制度，保障主計制度的獨立。馬秀如說：『（原音）可是我們在本案中發現主計人員堅持的程度不足，最後屈服於長官的官威，不時讓會計功能喪失，我們希望重建對主計制度的信賴。』監委沈美真則說，目前彈劾現任總統的權力屬於立法院，且根據憲法增修條文第2條關於彈劾總統的規定，也是針對現任總統；對於卸任總統的彈劾權，在制度上則仍有疑義，監察院日後將會對此進行討論。王建煊也說，日後會把有關彈劾卸任總統的相關報告送到立法院參考。